經(jīng)過實驗和實踐檢驗，殘留期較長的劇毒農(nóng)藥就淘汰了，后來甚至出現(xiàn)了抗蟲棉，農(nóng)藥使用更是減少。在棉花盛開時，農(nóng)藥的使用相對就比較少了，而且棉花籽包裹在棉花內(nèi)部，不直接與農(nóng)藥接觸，因此棉花籽農(nóng)藥含量較少。

但是，這不代表棉花籽油就是健康的。棉花籽油雖然飽和脂肪含量很高，但健康的單不飽和脂肪含量低。由于棉花籽油含有50%以上Omega-6脂肪酸，食用太多的情況下，會導(dǎo)致Omega-3脂肪酸缺乏。此外，棉籽油普遍經(jīng)過氫化處理，這個加工過程會產(chǎn)生反式脂肪，反式脂肪會增加血液中的膽固醇水平。

另外棉花籽含有棉籽油酚，這是一種含酚毒甙，對肝臟、血管、腸道及神經(jīng)系統(tǒng)毒性較大。游離棉酚有研究表明會導(dǎo)致女性月經(jīng)紊亂，食用粗制棉籽油還可造成生精細胞損害，導(dǎo)致睪丸萎縮，而無精子產(chǎn)生造成不育，這些都不會直接在表面上反映出來不良反應(yīng)，但是危害其實很大，所以建議盡量避免長期食用棉籽油，偶爾改個口味也還可以。